La consanguinité dans les populations d'effectif limité (1)  
 

Les "petites" populations sont définies par le fait que les effectifs des reproducteurs ne peuvent pas être considérés comme infiniment grands. Dans ce cas, chaque individu a un nombre borné d'ancêtres potentiels. Par exemple, dans une population où il n'y a que 2 reproducteurs mâles à chaque génération, deux individus d'une même génération peuvent avoir des pères différents, mais il leur est impossible d'avoir des grands-pères deux à deux différents (il faudrait pour cela qu'il y ait au moins 4 reproducteurs mâles à chaque génération). Ainsi, même en panmixie, la limitation des effectifs impose à un moment ou à un autre, l'union entre individus apparentés, donnant naissance à des individus consanguins.  Il s'agit là d'un des volets des conséquences d'un phénomène propre aux petites populations : la dérive génétique (lien en construction).
 

1) Observation : L'élévation de la consanguinité s'établit aisément dans des populations réelles, dès lors que les généalogies sont connues. Les résultats obtenus sont cependant conditionnés par la qualité de l'état civil : à structure de population constante, on peut généralement dire que la consanguinité moyenne des générations les plus anciennes est sous-estimée car les généalogies des animaux concernés sont moins bien connues. A titre d'illustration, la figure ci-dessous retrace l'évolution du coefficient de consanguinité moyen au sein d'une race française de cheval de trait, le Boulonnais. Cette race a vu ses effectifs fortement décroitre depuis le milieu du XXème siècle, pour atteindre, à la fin des années 80, environ 40 étalons et 750 juments reproductrices. L'évolution erratique du coefficent de consanguinité moyen dans les 20 premières années sur ce graphe traduit sans doute les disparités en matière de connaissance des généalogies. A contrario, l'évolution constatée depuis 1970 semble traduire une tendance nette et régulière d'accroissement de la consanguinité au sein de cette race.
 
Coefficient de consanguinité moyen (en %) des animaux Boulonnais enregistrés par les Haras Nationaux selon leur année de naissance - Source : Tellier et al., 1992 -

2) Modélisation : En matière de consanguinité, les modèles simples de la dérive génétique permettent de dégager les conclusions suivantes :
 

 
La notion introduite pour quantifier ce phénomène est l'effectif génétique, ou effectif efficace, (lien en construction), qui fait intervenir les éléments suivants :

• Les effectifs de reproducteurs, mâles et femelles, l'effectif génétique croissant avec ceux-ci.
• Les variances et covariances de tailles de descendance, l'effectif génétique étant d'autant plus élevé que la contribution des reproducteurs d'une génération donnée à la procréation de la génération suivante est la plus uniforme.